وأوضح الميثاق، بحسب المادة 35، أن المجلس العسكري الانتقالي هو أعلى جهاز لإدارة الفترة الانتقالية، والتي مدتها 18 قابلة للتجديد مرة واحدة، بعد موافقة ثلثي الأعضاء، ويمارس رئيس المجلس العسكري صلاحيات رئيس الجمهورية.
كما ينص الميثاق الانتقالي، على إنشاء مجلس وطنيا كبرلمان انتقالي من 69 عضواً، يتم تعيينهم من قبل رئيس المجلس الانتقالي.
وينص كذلك على حكومة انتقالية، وتكون الأمانة العامة للحكومة تكون تحت أمر رئيس المجلس العسكري الانتقالي.
أما بخصوص السلطة القضائية، فالمحكمة العليا والمحاكم الادارية الأخرى المنتظمة، تمثل القضاء في تشاد، بحسب المادة 81 من الميثاق الانتقالي.
